خوشه‌بندی داده‌های بیان ژنی و کاربرد آن در تحلیل افتراق انواع سرطان خون

Authors

  • علوی مجد, حمید
  • محرابی, یدا...
  • نقوی, بهار
Abstract:

سابقه و هدف: یکی از شاخه‌های مهم بیوانفورماتیک فناوری ریزآرایه DNA است که امکان بررسی بیان هزاران ژن را به طور هم‌زمان در حداقل زمان ممکن می‌سازد که در سال‌های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده‌های بیان ژنی شده است. تحلیل آماری این داده‌ها شامل نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی و ... از جمله روش‌های مورد استفاده در تحلیل این نوع داده‌ها است. مواد و روش‌ها: در این مقاله داده‌های بیان ژنی سرطان خون گلوب و همکاران (1999) که بر اساس روش آرایه الیگونوکلئوتید تولید شده و از طریق اینترنت در اختیار عموم قرار دارد، با استفاده از روش‌های آماری مقیاس‌بندی چند بعدی، خوشه‌بندی سلسله مراتبی و غیر سلسله مراتبی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. مجموعه داده‌ها شامل 20 بیمار مبتلا به سرطان خون لنفوئیدی حاد (ALL) و 14 بیمار مبتلا به سرطان خون میلوئیدی حاد (AML) است. در هر دو روش خوشه‌بندی، داده‌ها به دو خوشه تقسیم شدند. روش‌های مختلف خوشه‌بندی با توجه به گروه‌بندی واقعی نمونه‌ها (ALL،AML) مورد مقایسه قرار گرفتند. نرم افزار R برای تحلیل داده‌ها استفاده شد. یافته‌ها: ویژگی روش خوشه‌بندی سلسله مراتبی تقسیمی در تشخیص افراد ALL، ٧٥ درصد و حساسیت آن 92 درصد بدست آمد، ویژگی روش افراز کردن اطراف میدوئید در تشخیص افراد ALL، ٩٠ درصد و حساسیت آن 93 درصد بدست آمد که نشان‌دهنده عملکرد خوب این دو روش است. یکی از نمونه‌ها که بر اساس یافته‌های بالینی در گروه AML قرار دارد طبق نتایج تمام روش‌های خوشه‌بندی مورد استفاده در گروه ALL قرار گرفت که از نظر بالینی می‌تواند قابل توجه باشد. نتیجه‌گیری: با توجه به انطباق قابل توجه نتایج خوشه‌بندی با گروه‌بندی واقعی داده‌ها، می‌توان از این روش‌های آماری در مواردی که اطلاع دقیقی از گروه‌بندی واقعی داده‌ها در دست نیست، استفاده کرد. به علاوه نتایج خوشه‌بندی ممکن است زیرگروه‌هایی از نمونه‌ها را به نحوی متمایز کند که برای انطباق آن با یافته‌های بالینی، پژوهش‌های آزمایشگاهی یا بالینی جدیدی لازم باشد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

خوشه بندی داده های بیان ژنی و کاربرد آن در تحلیل افتراق انواع سرطان خون

سابقه و هدف: یکی از شاخه های مهم بیوانفورماتیک فناوری ریزآرایه dna است که امکان بررسی بیان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان ممکن می سازد که در سال های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده های بیان ژنی شده است. تحلیل آماری این داده ها شامل نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی و ... از جمله روش های مورد استفاده در تحلیل این نوع داده ها است. مواد و روش ها: در این مقاله داده های بیان ژنی سرطان خ...

full text

بررسی بیان ژن یوبیکوئیتین D در انواع سرطان خون

Background:Research has shown that the expression of UBD (Ubiquitin D) is effective in causing cancer. UBD relationship between states with advanced stages of cancer cell differentiation and expression, which probably UBD involved in the progression of carcinogenesis. Overexpression of UBD is related to p53, which subsequently progress to cancer. The purpose of this study is evaluation of Ub...

full text

انواع تحلیل موردی و کاربرد تثلیث در آن

درعصرحاضر، در روش‌های پژوهش‌های اجتماعی هم مثل سایر عرصه‌ها گذار اتفاق افتاده است. حرکت پژوهش‌های اجتماعی از روش‌های­کمی وسخت به رو‌ش‌های کیفی ونرم­ انسان‌گرایانه و تفسیری اهمیت رویکرد کیفی را درتحقیقات اجتماعی دو چندان کرده است. مطالعۀ موردی[1] نیز، یکی از رایج‌ترین روش­های تحقیق کیفی است­که به بررسی یکه­نگارانه از یک واحد اعم ازفرد، سازمان، خانواده، جامعه و... می‌پردازد. در روش یاد شده، طبق د...

full text

انواع تحلیل موردی و کاربرد تثلیث در آن

درعصرحاضر، در روش های پژوهش های اجتماعی هم مثل سایر عرصه ها گذار اتفاق افتاده است. حرکت پژوهش های اجتماعی از روش های­کمی وسخت به رو ش های کیفی ونرم­ انسان گرایانه و تفسیری اهمیت رویکرد کیفی را درتحقیقات اجتماعی دو چندان کرده است. مطالعۀ موردی[1] نیز، یکی از رایج ترین روش­های تحقیق کیفی است­که به بررسی یکه­نگارانه از یک واحد اعم ازفرد، سازمان، خانواده، جامعه و... می پردازد. در روش یاد شده، طبق د...

full text

کاربرد شبکه‌های عصبی بیزین، ماشین بردار پشتیبان و برنامه‌ریزی بیان ژنی در تحلیل بارش – رواناب ماهانه (مطالعه موردی:رودخانه کاکارضا)

     شبیه‌سازی فرآیند بارش - رواناب اولین و مهمترین گام برای کنترل سیلاب در مدیریت منابع آب می‌باشد. در این تحقیق  فرآیند بارش – رواناب  ماهانه رودخانه کاکارضا واقع در استان لرستان، با استفاده از شبکه عصبی بیزین موردبررسی قرار گرفت و نتایج آن با روش‌های برنامه‌ریزی بیان ژن و ماشین بردار پشتیبان مقایسه گردید. بر این اساس ترکیب‌های مختلفیبا استفاده از پارامترهای بارندگی و رواناب، طی دوره آماری (1...

full text

مقایسه روش‌های خوشه‌بندی در داده‌های بیان ژنی

چکیده زمینه و هدف: با گسترش روش‌های استخراج داده‌های ژنتیکی، روش‌های تجزیه و تحلیل این نوع داده‌ها نیز در حال توسعه می‌باشند. این مطالعه با هدف مقایسه یکی از پرکاربردترین روش‌های تجزیه و تحلیل این نوع داده ها، یعنی خوشه‌بندی انجام شده است. مواد و روش کار: در این پژوهش با استفاده از 5 مجموعه داده مایکروآرایه، نه ترکیب روش خوشه‌بندی سلسله مراتبی تجمعی، سلسله مراتبی تقسیم‌شونده و K- میانگین با متر...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 9  issue 2

pages  163- 169

publication date 2008-02

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023